في يوم 4 شوال من سنة ١٣٩٤ هـ الموافق ١٩٧٤ م التحق بالرفيق الأعلى, الفقيه الأصولي الكبير (الشيخ حسين الحلي) رضوان الله تعالى عليه عن عمر ناهز الخامسة والثمانين عاما، وقد صلى عليه زعيم الطائفة السيد الخوئي (رض)، ودفن في مقبرة أستاذه الميرزا النائيني (رض) في الحجرة الخامسة أو السادسة على يسار الداخل إلى الصحن العلوي الشريف من باب السوق الكبير.
وكان والده (رض) أحد علماء الدين المعروفين بالصلاح.
ويرقى نسبه إلى أسرة عربية أصيلة كانت تقطن الأرياف الجنوبية من ناحية الهندية في مدينة (الحلة) تدعى عشيرة (الطفيل).
حضر درس أكابر الأساتذة منهم الميرزا النائيني وآغا ضياء العراقي والسيد أبو الحسن (رضوان الله تعالى عليهم).
وكان حضوره عند الميرزا النائيني أكثر من ١٨ عاما، وقد نُقل أنه سئل الميرزا عن سر اعتنائه البالغ بالشيخ الحلي فرد قائلا: (ما من مسألة تُطرح حتى يكتب عنها رسالة مشتملة على التحقيق والتدقيق ونقل كافة الأقوال فيها).
وقد قال عنه الميرزا في إجازته بالاجتهاد:
(قرة عيني العالم العامل العلام والفاضل الكامل الهمام صفوة المجتهدين العظام وعماد الأعلام وركن الإسلام المؤيد المسدد التقي الزكي جناب الأغا الشيخ حسين النجفي الحلي ..).
درس عنده كبار الفقهاء والمجتهدين الذين تزعموا حوزة النجف الأشرف وقم المشرفة منهم السيد السيستاني والسيد الحكيم والسيد الروحاني والشيخ الوحيد والسيد تقي القمي والشيخ الغروي والشيخ البروجردي والسيد عزالدين بحر العلوم (رحم الله الماضين منهم وحفظ الباقين).
له مؤلفات وتقريرات عديدة.
وكان معروفا ببساطة معيشته وتواضعه الشديد.
وتخليدا لذكراه وتقييما لعلمه:
أمر المرجع الأعلى السيد السيستاني دام ظله بتشكيل لجنة من فضلاء الحوزة العلمية لتحقيق (التراث الأصولي) للشيخ الحلي. وقد تمت طباعته في ١٢ مجلد.
كما أنه (دام ظله) أمر ببناء مدرسة دينية كبيرة تحمل اسم الشيخ الحلي (رض) وهي قيد الإنشاء.
وقد نشرت مجلة (دراسات علمية) في عددها السادس رسالتين للشيخ الحلي :
١- رسالة في حرمة قتل الحيوان أو حليته، تحقيق الشيخ مصطفى أبو الطابوق.
٢- رسالة في قصد معاني ما يُقرأ في الصلاة من القرآن والأذكار، تحقيق السيد حسين الخرسان.
كما أن العمل مستمر في تحقيق ونشر شرحه للعروة الوثقى الذي يعمل عليه الشيخ علي البهادلي.
وقد سبق ذلك السيد عزالدين بحر العلوم (رض) في طباعة تقريراته (بحوث فقهية) والتي يروي لنا السيد محمد بحر العلوم رحمه الله في المدخل إلى (التراث الأصولي) كيفية متابعة الشيخ الحلي لتلك التقريرات ويكشف عن مدى كونه أستاذا مربيا.
ويمكن لمن أراد الاطلاع أكثر مراجعه ما كتبه السيد محمد بحر العلوم رحمه الله في مدخل التراث الأصولي للشيخ الحلي الموسوم ب (أصول الفقه)، أو ما كتبه السيد محمد صادق الخرسان في (الشيخ حسين الحلي فَقِيه المسائل المستحدثة والمحقق المقارن).
أو مراجعة ما كتبه الشيخ مصطفى ابو الطابوق في مقدمة التحقيق المشار اليه آنفاً.
وآخرون.
وإلى روحه الطاهرة وأرواح بقية أعلامنا الماضين وشهدائنا لاسيما شهداء الحشد الشعبي رحم الله من يقرأ السورة المباركة الفاتحة.