أبدى نواب ونشطاء مصريون استياء بالغا من شيخ الأزهر الدكتور محمد سيد طنطاوي بعد مصافحته الرئيس الإسرائيلي شمعون بيريز خلال مؤتمر الأمم المتحدة لحوار الأديان، في أزمة كشفت بعدا جديدا في موقف المؤسسة الدينية بمصر من التطبيع مع الإسرائيليين.وطالب بعض النشطاء بعزل شيخ الأزهر من منصبه بعد هذه الواقعة, لكن الرجل الذي يتمتع بعلاقة وثيقة مع النظام الحاكم لم يظهر تراجعا عن موقفه بمصافحة بيريز، ووصف الرافضين للتطبيع مع إسرائيل بأنهم "جهلاء وجبناء". ويملك رئيس الدولة وحده حق عزل شيخ الأزهر وتعيينه، بعد أن كان هذا المنصب يشغل بالانتخاب من بين هيئة علماء أكبر مؤسسة دينية في العالم العربي والإسلامي.ونقلت صحف مصرية عن طنطاوي قوله إن "من يمتنع عن مقابلة عدوه فهو جبان"، مجددا رفضه دعوة البابا شنودة الثالث لمقاطعة إسرائيل ومنع المسيحيين من الحج إلى القدس إلا بعد تحريرها.وفي يوليو/تموز 2002 رفض مجمع البحوث الإسلامية بالأزهر (هيئة كبار العلماء) أي أطروحات حول جعل منصب شيخ الأزهر بالانتخاب المباشر من قبل المجمع وليس بالتعيين من قبل رئيس الدولة، وذلك ردا على مشروع قانون تقدم به النائب الإخواني علي لبن.وقال لبن إن "مصافحة شيخ الأزهر لرئيس كيان مغتصب لأرض الإسلام لا يمكن تبريرها، والمشكلة أن الناس تعتقد أن مواقف طنطاوي هي تعبير عن رأي الأزهر".وأضاف أن طنطاوي أبدى مؤخرا موافقته على مسألة انتخاب شيخ الأزهر لكن بعد تعديل جرى قبل سنوات قليلة أتاح له تعيين أعضاء المجلس "مما يعني أنه في حال اعتمد القانون سيضمن طنطاوي بقاءه في المنصب".وأوضح أن رأي طنطاوي -وفق القانون- لا يمثل إلا نفسه، وأن الموقف الرسمي للأزهر يحدده مجمع البحوث المكون من أبرز علماء الإسلام في العالم, لكنه أقر بأن الناس لا يتفهمون ذلك وأن مواقف طنطاوي تنسب دائما للمؤسسة الدينية.وانتقد لبن توقف اجتماعات مجمع البحوث منذ سنوات بأمر من رئيس الوزراء المصري أحمد نظيف, قائلا إن ذلك ساعد على نشر الخلافات المذهبية "لأنه في ظل غياب رأي المجلس الذي يضم علماء من كافة المذاهب، تظهر الخلافات والفتاوى المذهبية".